机场线东直门站共设5条地下通道，其中1号通道与东直门外大街现有过街通道相连，2号通道连接车站南侧的地下换乘厅，换乘厅同时串起2号线换乘、机场线换乘和13号线换乘通道。站内的4号通道直接连通13号线东直门汽车站，而5号、6号通道均连通东华广场。